Träger des Musikkindergartens Daniel Barenboim ist seit Dezember 2025  die Fröbel Bildung und Erziehung gGmbH. Die Fröbel Gruppe hat den Musikkindergarten Berlin übernommen, ohne an seiner Struktur und an der inhaltlichen Ausrichtung etwas zu verändern. Die Fröbelgruppe betreut bundesweit mehr als 250 Kindergärten und bietet damit dem Musikkindergarten eine solide administrative Grundlage und den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern eine gesicherte Zukunft.

Träger des Musikkindergartens Berlin von September 2005 bis einschließlich November 2025 iwar ein 2005 gegründeter gemeinnütziger Verein, der Musikkindergarten Berlin e.V.